Tsukune Aono, tanpa sengaja mendaftar ke Akademi Youkai, sebuah akademi rahasia berisikan para monster. Dengan kata lain adalah sebuah akademi untuk monster-monster. Setelah mengetahui kenyataan itu akademi yang menyeramkan, dia berusaha melarikan diri, namun seorang wanita cantik jatuh cinta kepadanya dan melarangnya untuk pergi dari akademi, wanita itu tahu bahwa Tsukune adalah manusia biasa yang dilarang masuk ke akademi itu, suasana berubah ketika Akashiya Moka sang wanita Vampire Super melindungi dan merahasiakan bahwa Tsukune adalah manusia.
IS: Infinite Stratos Encore – Koi ni Kogareru Rokujuusou