Pada tahun 2015, Para Malaikat, mesin perang alien yang besar dan sangat kuat, muncul di Tokyo untuk kedua kalinya. Satu-satunya harapan bagi umat manusia, ada di Evangelion, mesin perang berbentuk manusia yang dikembangkan oleh NERV, NERV adalah salah satu Instansi khusus PBB. Sanggup menahan apapun yang Malaikat bisa lakukan, kekurangan Evangelion adalah orang yang bisa memilotinya hanya segilintir orang saja. Hanya beberapa remaja, yang semuanya lahir 14 tahun yang lalu, sembilan bulan setelah Malaikat pertama muncul, yang bisa memiloti Evangelion. Salah satu nya adalah Shinji Ikari, yang ayahnya memimpin tim NERV yang mengembangkan dan merawat Evangelion. Masuk ke dalam pertarungan dan peristiwa yang dia bahkan tidak mengerti, Shinji dipaksa untuk masuk ke dalam batinnya untuk keberanian dan kekuatan. Tidak hanya untuk bertarung, tapi juga untuk hidup, dan mengambil resiko kehilangan semua yang dia punya.