Setelah satu tahun hiatus, shinpachi Shimura kembali ke Edo, hanya untuk dikejutkan dengan sebuah kejadian yang mencengangkan: Gintoki dan Kagura, temannya dari anggota Yorozuya, menjadi karakter yang sangat berbeda! Dia pun akhirnya kabur dari kantor pusat Yorozuya dalam keadaan kebingungan, Shinpachi mengetahui kalau seluruh rakyat Edo mengalami perubahan yang sangat ekstrim, mulai dari penampilan bahkan kepribadiannya. Yang lebih mengagetkan lagi adalah adiknya Otae telah menikah dengan kepala Shinsengumi dan penguntit tak tahu malu, Isou Kondou, dan saat ini telah mengandung anak pertama mereka. Terguncang, Shenpachi memutuskan untuk masuk sebagai anggota Shinsengumi atas desakan otae dan Kondou tapi didalam organisasi ternyata juga telah mengalami perubahan yang sngat ekstrim. Meskipun dia mengetahui kalau Wakil Kepala Toushirou Hijikata tetap tidak mengalami perubahan. Shenpachi dan beberapa anggota dari Shinsengumi yang tidak mengalami perubahan akhirnya membuat rencana untuk mengembalikan kota Edo seperti bagaimana mereka mengingatnya. Hadir dengan lelucon-lelucon yang lebih konyol, Parodi-parodi yang greget, dan referensi-referensi yang tak tahu malu. Gintama’ mengisahkan tentang petualangan tim Yorozuya yang dipenuhi dengan kesialan di kota Edo yang modern dan dipenuhi oleh alien.